San Juan del Flumen es un pueblo nuevo, construido en la década de los años cincuenta con la política de colonización llevada a cabo por el entonces Instituto Nacional de Colonización. Su denominación es debida a la cercanía del río Flumen y al barranco sobre el que está ubicado, el barranco de San Juan.
En la actualidad son 335 los habitantes censados y celebran las fiestas el 29 de agosto en honor a San Juan Degollado y el 24 de junio, día de San Juan Bautista.
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